Les écouvillons de test d'antigène sont comparables aux écouvillons nasopharyngés pour le séquençage du SRAS

Rapports scientifiques volume 13, Numéro d'article : 11255 (2023) Citer cet article

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La surveillance génomique virale fait partie intégrante de la réponse mondiale à la pandémie de SRAS-CoV-2. Les efforts de surveillance reposent sur la disponibilité d’échantillons cliniques représentatifs issus des activités de tests en cours. Cependant, les pratiques de test ont récemment changé en raison de la disponibilité et de l’utilisation généralisées de tests antigéniques rapides, ce qui pourrait entraîner des lacunes dans les futurs efforts de surveillance. En tant que telles, les stratégies de surveillance génomique doivent s’adapter pour inclure des flux de travail de laboratoire adaptés au type d’échantillon. À cette fin, nous comparons les résultats de la RT-qPCR et du séquençage du génome viral en utilisant des échantillons provenant d'écouvillons positifs de la carte antigène BinaxNOW COVID-19 (N = 555) à ceux obtenus à partir d'écouvillons nasopharyngés (NP) utilisés pour les tests d'amplification des acides nucléiques (N = 135). Nous montrons que les écouvillons obtenus à partir de cartes antigéniques ont des performances comparables à celles des échantillons provenant d'écouvillons NP, offrant ainsi une alternative viable et permettant l'expansion potentielle de la surveillance génomique virale aux cliniques ambulatoires ainsi qu'à d'autres contextes où des tests antigéniques rapides sont souvent utilisés.

La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a mis en évidence le rôle essentiel en santé publique des tests continus et de la surveillance génomique virale pour suivre les variantes émergentes, comprendre la transmission, lier l'évolution virale aux changements dans l'épidémiologie de la maladie, concevoir et évaluer des outils de diagnostic et prévoir l'efficacité des vaccins dans le contexte de la diversité virale1,2. Le COVID-19 causé par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a entraîné environ 760 millions de cas confirmés et 6,9 millions de décès signalés dans le monde par l'Organisation mondiale de la santé (OMS)3. L’évolution du génome du SRAS-CoV-2 tout au long de la pandémie a conduit à l’émergence continue de nouveaux variants présentant une transmissibilité, une gravité de la maladie et une capacité d’évasion immunitaire accrues4,5,6. Depuis la publication des premières séquences du génome du SRAS-CoV-2 en janvier 20207, plus de 15 millions de séquences ont été partagées via la base de données de l'Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID)8, et plus de 7 millions de séquences nucléotidiques ont été déposées au Centre national de recherche. Biotechnology Information (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/) jusqu'au 29 mai 2023. L'effort sans précédent pour surveiller l'évolution virale du SRAS-CoV-2 a changé de façon permanente l'approche de surveillance génomique des agents pathogènes dans le monde.

Les approches de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 ont été le plus largement appliquées aux échantillons diagnostiques positifs provenant des tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN). L’étalon-or et le TAAN le plus largement utilisé est la réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse en temps réel (RT-PCR). Comme les approches de séquençage viral et la RT-PCR amplifient directement le matériel génomique viral, les méthodes et réactifs de collecte ainsi que les protocoles en aval se chevauchent, ce qui en fait une approche utile pour la surveillance génomique. Il s’agit d’une approche efficace puisque la RT-PCR était l’approche la plus largement utilisée au début de la pandémie.

Le paysage des tests a cependant considérablement évolué au cours de la pandémie vers des tests de diagnostic rapide (TDR), le plus souvent des tests à flux latéral (LFT) basés sur l'antigène. Il existe désormais plus de 400 TDR du SRAS-CoV-2 disponibles dans le commerce dans le monde9,10, et plusieurs LFT basés sur l'antigène sont autorisés pour les tests à domicile en vente libre grâce à une autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) aux États-Unis11. Les tests basés sur les antigènes détectent des protéines virales spécifiques ou le virus directement sans étapes d'amplification PCR12. La polyvalence des LFT pour une large application dans les écoles, les cliniques et à domicile a considérablement augmenté leur utilisation. En outre, dans le but d’accroître la détection du COVID-19, les États-Unis ont rendu les LFT disponibles gratuitement par correspondance, distribuant par la suite plus de 270 millions de kits de test en mars 202213. La sensibilité des LFT basés sur l’antigène est comparativement inférieure à celle des TAAN, en particulier dans les États-Unis. cas de faible charge virale ou d’infection asymptomatique9,14,15,16,17,18 ; cependant, lorsqu'il est utilisé dans les 5 à 7 jours suivant l'apparition des symptômes chez des personnes symptomatiques, le test peut atteindre une sensibilité de 99,2 % et une spécificité de 100,0 %19. Par rapport aux TAAN, les LFT fonctionnent bien avec des charges virales correspondant à une valeur RT-qPCR Ct ≤ 33 cycles20,21,22.